بطور کلی باید گفت که هیچ واکسنی 100 درصد بی خطر نیست. کسانی که به تخم مرغ حساسیت دارند نمی توانند، این واکسن را تزریق کنند. از سویی نزدیک 30 درصد از کسانی که واکسن تزریق می کنند ، به عوارض خفیف بیماری دچار می شوند. برخی علائمی مانند خستگی ، تب خفیف و یا سردرد را تجربه می کنند ، حتی برخی ممکن است دچار سندرم GBS بشوند( 2 نفر در یک میلیون). با این حال ، فواید و مزایای واکسن ها آنقدر زیاد است که تزریق آن به عموم توصیه می شود. سازمان های ذیصلاح، عموما با بررسی همه جوانب ، آن را تایید کرده اند.
با توجه به اینکه سابقه تولید و تزریق واکسن علیه آنفولانزا طولانی است ، از این جهت نمی توان گفت که واکسن آنفولانزای خوکی کاملا جدید است . با این حال قسمتی از آن که مربوط به ویروس جدید است ، تازگی دارد . بنابراین در برابر ایمنی که واکسن به دنبال می آورد ، احتمال خطرناک بودن آن بسیار ناچیز است .
واکسن آنفولانزای خوکی بسیار شبیه واکسن های معمولی است . نوعی از واکسن معمولی حدود 75 درصد به واکسن H1N1 شبیه است
